לאחר שנים של פעילות ענפה בתחום היחסים בין ערבים ויהודים, בית הספר הקים מכון מחקר כדי להשלים את הפן הישומי מעשי בפן תיאורתי מחקרי. תקותנו שהמחקר יפרה את העבודה שאנו עושים. המכון מתרכז בחקר יחסי הכוח שבין הקבוצות ובחקר התפתחות הזהויות הלאומיות והאתניות. המכון נאמן לשיטות המחקר האיכותניות ועובד בשיתוף פעולה עם חוקרים בארץ ובחו"ל. מכון המחקר מפרסם כל שנה דו"ח שנתי והחל מהשנה הבאה יצא גם כתב עת, אלו שואפים לשקף את החידושים בתחום בבית הספר לשלום ובארץ.
כיום שוקדים במכון על מחקר תלת שנתי על מפגשים של בני נוער יהודים וערבים. כמו כן צוות המכון שוקד על פרויקט של תרגום לערבית ולעברית, והוצאה לאור של ספרות רדיקלית הקשורה לתחום העבודה שלנו.